सचिवालयांतल्या भौशीक भलायकी खात्यांतलो एक महत्त्वाचो विभाग म्हणजे वैद्यकीय विभाग. वैद्यकीय विभाग हो प्रशासकीय विभाग आशिल्ल्यान सकयल दिल्ल्या सगळ्या संस्थांचें प्रशासकीय, आस्थापना आनी खर्च / आर्थिक काम पळयता :
१)गोंय वैजकी म्हाविद्यालय आनी इस्पितळ
२)दंतचिकीत्सा म्हाविद्यालय
३)मानसोपचार आनी मानवी वागणूक संस्था
वैद्यकीय विभाग मध्यवर्ती सेवेतर्फे सरकारी अधिकार्यांच्या वैद्यकीय प्रतिपूर्ती प्रकरणांचे देखील काम पळयता(वैद्यकीय उपस्थिती) नियम, 1944,सचिव (भलायकी ) ही प्रशासकीय सचिव,अधिकारी अतिरिक्त / सहसचिव (भलायकी), अवर सचिव (भलायकी- I), विभाग अधिकारी (वैद्यकीय) आनी हेर अधीनस्थ कर्मचारी हें वैद्यकीय विभागांतले हेर अधिकारी जावन आसा.